役員のみの高額な人間ドックの健康診断費用は役員に対する給与として所得税が課税されます。  

また、会社として法人税の計算上では「不定期な役員給与（役員賞与）」として損金に算入されません。

つまり所得税と法人税が同時に課税されることにるのです。

全社員を対象に行われる場合には福利厚生費として処理できます。

役員のみ健康診断を受けるなど役員と従業員を区別して行う健康診断は役員に対する不定期給与（役員賞与）の取扱いになりますのでご注意ください。

年齢や勤務年齢、役職などに応じた全社員を対象とする健康診断の規定を作り税務調査時に給与課税されないような対策をとっておくことをお勧めします。

では、役員のみの会社の場合にはどうなるのでしょうか？

新規に会社を設立したばかりで役員しかいないなどの理由で結果として役員のみの健康診断となっている場合があります。

可能性としては役員への不定期給与として課税される可能性が高いと思われます。

実務上は税務調査時の調査官の判断に任されているのが実態です。

健康診断規定が存在することを前提として、その後社員が入社し社員にも同じ内容の健康診断を受けさせていれば、当時の役員分の健康診断費用も福利厚生費と認められる可能性はあると思われます。

社員が入社後、社員に同じ内容の健康診断費用を受けさせていない場合にはおそらく役員への不定給与として課税されることになると思います。

長年に渡り親族経営の役員のみの会社の場合には、実態は個人的な経費を会社の経費としていることと変わりませんのでこの場合の健康診断費用は「役員への不定期給与」として課税されることになると思われます。

ただし、あくまでも役員のみの会社について法令上に健康診断費用の取扱いが規定されている訳ではありませんで税務調査時の実態で判断されることになるでしょう。